Trong công việc biên soạn cuốn sách này, Ngụy Thâu bị phê phán vì thể hiện sự thiên vị đối với các tổ tiên của các liên minh chính trị và sự phỉ báng có chủ đích hoặc hoàn toàn không thừa nhận đối với tổ tiên của các kẻ thù chính trị. Những người gièm pha cuốn sách gọi nó là uế thư (穢書), khi phát âm gần giống như 'Ngụy thư', nhưng có nghĩa là "cuốn sách rác rưởi".

Theo quan điểm của các sử gia hiện đại thì Ngụy thư có các vấn đề khá rõ, do nó ca ngợi Bắc Ngụy quá đáng, trong khi lại có trình bày sai có chủ ý về quốc gia trước đó của nhà nước này là nước Đại, một quốc gia từng là chư hầu của Tây Tấn, Hậu Triệu, Tiền Yên và Tiền Tần, nhưng trong sách này lại thể hiện Đại là một quốc gia hùng mạnh với các quốc gia nói trên đều là chư hầu của nó. Bên cạnh đó, cuốn sách còn mô tả các quốc gia thù địch như là những kẻ mọi rợ và đưa ra những lời kết tội thiếu căn cứ đối với các vị quân chủ của các nhà nước đó.

Ngoài ra, cuốn sách còn dùng các tên họ Hán hóa do hoàng đế Bắc Ngụy Hiếu Văn Đế Nguyên Hoành quy định vào năm 496 để áp dụng cho các nhân vật và sự kiện diễn ra trước đó khá lâu, gây ra nhiều khó khăn không cần thiết đối với các độc giả để có thể biết được tên họ thật sự của các cá nhân được đề cập tới. Cuốn sách cũng bị phê bình ở chỗ do Ngụy Thâu là một viên quan của Đông Ngụy và nhà nước kế tục triều đại này, nhà Bắc Tề, nên ông chỉ liệt kê vị hoàng đế duy nhất của Đông Ngụy là Đông Ngụy Hiếu Tĩnh Đế trong danh sách các vị hoàng đế trong khi cố tình bỏ qua 3 vị hoàng đế của nhà nước kình địch là Tây Ngụy sau sự phân hóa Bắc Ngụy vào năm 534 và coi các triều đại Nam triều là man di mọi rợ. Tuy nhiên, ông dược công nhận là đã làm khớp các tường thuật về các sự kiện rất lọn xộn và rời rạc từ thời nước Đại cho tới đầu thời kỳ Bắc Ngụy cũng như tạo ra sự gắn kết chặt chẽ cho các sự kiện trong giai đoạn đó.

Chính vì thế, Tùy Văn Đế coi Ngụy thư của Ngụy Thâu là không chính xác nên đã lệnh cho Ngụy Đạm, Nhan Chi Suy soạn lại, Tùy Dạng Đế sau đó cũng mệnh cho Dương Tố, Phan Huy, Trử Lượng, Âu Dương Tuân viết lại. Ngụy thư nguyên bản gồm 114 quyển đến đầu thời Bắc Tống đã bị thất lạc nhiều, các sử gia sau này căn cứ Bắc sử bổ sung thêm để có Ngụy thư như ngày nay. Bản Ngụy thư hiện nay do Đường Trường Nhụ chủ trì chỉnh lý được Trung Hoa Thư Cục xuất bản phổ biến và được xem là bản tốt nhất.

Người đời sau căn cứ vào các nguồn sử liệu khác nhau mà bổ sung thêm vào phần chí biểu của Ngụy thư, theo như trong sách Lịch đại sử biểu của Vạn Tư Đồng đời Thanh liệt kê ra có Ngụy chư đế thống hệ đồ, Ngụy chư vương thế biểu, Ngụy Dị Tính chư vương thế biểu, Ngụy Ngoại thích chư vương thế biểu, Ngụy Tương Tương Đại thần niên biểu, Tây Ngụy tương tương đại thần niên biểu, Đông Ngụy tương tương đại thần niên biểu tất cả có 1 quyển, Ngụy thư binh chí 1 quyển của Cốc Tễ Quang thời Cận đại, và Nguyên Ngụy phương trấn niên biểu 2 quyển của Ngô Đình Tiếp.